為掌理全校會計事務，建立合理與健全的會計制度，設置會計室。
本室掌理事項說明如下:

※辦理全校性收入、支出憑證審核及入帳相關會計作業。
※.辦理年度預算相關作業及函報教育部事宜。
※辦理年度決算相關作業及函報教育部事宜。
※.辦理國科會、衛生署…等計劃補助之憑證審核及帳務處理作業。
※辦理各項教育部、其他政府機關補助款憑證審核及帳務處理作業。
※.學雜費帳務作業。
※.辦理各項稅務申報作業。
※.辦理編製各類會計表報作業。
※配合會計師年度財簽及稅簽作業。
※百萬招標案件之開標、監標及驗標作業。
※財務自主檢核作業。